Нестандартный биосинтез, мюоны и грозы, и высокочастотные волны от реки

Наука и жизньНаука

Лауреаты премии Правительства Москвы молодым учёным 2020 года

Материалы подготовили Татьяна Зимина, Алексей Понятов и Кирилл Стасевич.

Молодые исследователи, работающие в научных центрах и университетах столицы, могут подать заявки на премию Правительства Москвы молодым учёным. Награда присуждается как за достижения в фундаментальных исследованиях, так и за разработку новых технологий. Приём заявок на участие в конкурсе за 2021 год проходит до 9 июля 2021 года (подробности: https://nauka.mos.ru).

В майском номере журнала рассказывалось об исследованиях нескольких лауреатов 2020 года (см. «Наука и жизнь» № 5, 2021 г.). Представляем работы ещё трёх лауреатов.

Нестандартный биосинтез

В нашем организме белки делают всё: добывают энергию, создают электрические импульсы в нервных клетках, обеспечивают сокращение мышц. Конечно, другие биомолекулы тоже исключительно важны. Но и углеводы, и липиды, и нуклеиновые кислоты существуют в клетке тоже при помощи белков: белки их синтезируют, переносят с места на место, расщепляют. Часто углеводы и липиды присоединяются напрямую к белковой молекуле, чтобы белок смог выполнить какую-нибудь специфическую работу.

Как известно, информация о белках хранится в нуклеиновых кислотах. В большинстве случаев хранилищем служит дезоксирибонуклеиновая кислота, ДНК. Информация зашифрована в ДНК с помощью генетического кода. Белок — это цепь аминокислот. Она может свернуться в клубок, погрузиться в клеточную мембрану, может соединиться с аминокислотной цепью другого белка — но так или иначе судьба белка, его способность выполнять ту или иную работу зависит от последовательности аминокислот. Как раз их последовательность и закодирована в ДНК с помощью четырёх букв генетического алфавита — А, Т, G и С (в РНК вместо буквы Т стоит буква U)*. Аминокислоты кодируются тройками букв — эти тройки называют триплетами, или кодонами (например, аминокислота фенилаланин кодируется в ДНК триплетом TTT или ТТС; в РНК это будут, соответственно, UUU и UUC). Правда, на самой ДНК собрать белковую молекулу нельзя — ДНК хорошо подходит для хранения информации, но с ней не могут работать молекулярные машины, которые занимаются сборкой белковых молекул. Поэтому белковый код копируется с ДНК в РНК — это процесс транскрипции. Синтез белка называют трансляцией, а РНК, которая служит матрицей для сборки, именуют матричной, или мРНК.

* Буквы обозначают азотистые основания: аденин (А), тимин (Т), гуанин (G), цитозин (C) и урацил (U).

Трансляцию выполняют рибосомы — огромные молекулярные комплексы, состоящие из нескольких десятков белков и специальных служебных молекул РНК (рибосомных РНК, или рРНК). Рибосомы работают не в одиночку. Есть целый набор белков, которые называются факторами трансляции. Бо́льшая часть факторов трансляции помогает рибосомам правильно начать синтез белка.

В чём проблема с правильным стартом? Код нужно прочесть с начала и до конца. Факторы трансляции помогают рибосоме сесть на нужный конец молекулы РНК. Но код белка начинается не прямо с самых первых букв цепочки мРНК. Рибосома должна проехать какое-то расстояние, пока не дойдёт до стартовой точки. Среди триплетов-кодонов есть так называемые старт-кодоны: они кодируют одну из аминокислот и одновременно обозначают старт синтеза. Самый распространённый из старт-кодонов, AUG, кодирует аминокислоту метионин; также есть старты CUG и UUG. (Здесь и далее триплеты обозначены так, как они выглядят в РНК, то есть с U вместо Т.) Старт-кодон работает не сам по себе, но в контексте: рядом с ним есть определённые генетические буквы, которые помогают рибосоме его узнать.

Затем рибосома начинает соединять аминокислоты (опять же при помощи специальных факторов трансляции), пока не наткнётся на один из стоп-кодонов. Стоп-кодоны никаких аминокислот не кодируют, они просто означают, что рибосома должна прекратить синтез аминокислотной цепочки. Стоит ли говорить, что останавливается рибосома тоже при помощи белковых факторов трансляции. При этом на стоп-кодоне мРНК не заканчивается — за ним идёт более или менее длинная последовательность нуклеотидов, но рибосома по ней уже не перемещается.

Так в самых общих чертах выглядит синтез белка. Стоит ещё добавить, что рибосома состоит из двух частей, малой и большой субчастиц. Первой на мРНК садится малая субчастица, и она же ищет точку старта. Когда старт найден, к ней присоединяется большая субчастица, и вот уже такая соединённая рибосома начинает синтезировать белок.

С фрагментом мРНК, который рибосома проезжает в начале перед стартом, связаны исследования Дмитрия Андреева, ведущего научного сотрудника лаборатории регуляции синтеза белка Института физико-химической биологии им. А. Н. Белозерского МГУ. Этот фрагмент мРНК часто называют лидерной последовательностью или просто лидером. Лидер заканчивается старт-кодоном. Но внутри лидера могут встречаться и другие старт-кодоны. То есть, например, до главного старта AUG может быть ещё один, два, три AUG или же не AUG, а другой старт-кодон.

Какое-то время считалось, что рибосома (точнее, её малая субъединица) сканирует лидер в поисках одного-единственного правильного старта — потому что, как опять же считалось, одна матричная РНК несёт информацию только об одном белке. Но потом стали появляться данные, что рибосома вполне может начать синтез белка с альтернативного старта.

Рибосома сканирует последовательность мРНК по триплетам. Представим, что самый первый триплет, который рибосома проверила, выглядит как AAA, а следом за ним идёт TTT. Рибосома может проверить сначала ААА, а потом ТТТ. Но может случиться и так, что рибосома сдвинется и не заметит первую букву А. И тогда она начнёт сканировать мРНК с триплета ААТ. А если она сдвинется на две А, тогда первым распознанным триплетом будет АТТ. Легко понять, что с такими сдвигами рибосома будет читать какую-то абсолютно другую последовательность кодонов — разбивка всей последовательности мРНК на тройки букв будет сдвинута на одну или на две буквы. Так же легко понять, что с такими сдвигами в РНК вполне могут появиться альтернативные старты.

Может показаться, что речь идёт о чём-то ненормальном, о каком-то сбое в аппарате трансляции. Но на самом деле альтернативные старты — вполне законная вещь. Просто случаются они не всегда, а лишь в определённых условиях. Бывает, что клетка попадает в такую жизненную ситуацию, когда рибосомы на определённой мРНК должны увидеть более ранний старт-кодон вместо того, на котором они обычно начинают синтез белка. Именно такие случаи изучают Дмитрий Андреев и его коллеги.

Чтобы лучше понять полученные ими результаты, нужно хотя бы бегло рассмотреть один из основных методов, который используют в исследованиях трансляции. Этот метод называется рибосомным профайлингом, или Ribo-Seq (от слов ribosome, то есть рибосома, и sequencing, то есть секвенирование — расшифровка последовательности нуклеиновой кислоты). Как узнать, где на мРНК в данный момент времени находится рибосома? Для этого нужно прочитать последовательность мРНК, которую рибосома покрывает. Представим, что есть множество молекул мРНК, синтезированных на одном и том же гене. На каждой копии мРНК сидит множество рибосом: это малые субчастицы, которые только-только сели на мРНК и готовятся сканировать её лидер, это рибосомы, которые стоят на старте и готовятся начать синтез, это рибосомы, уже вовсю синтезирующие белок, и т. д. Существуют антибиотики, которые могут заморозить рибосому в определённой точке её пути — например, в момент, когда малая субчастица узнала старт-кодон и соединилась с большой субчастицей. Остановив рибосомы, исследователи затем используют специальный фермент, расщепляющий мРНК между рибосомами. А дальше читают те фрагменты мРНК, которые рибосомы прикрыли от фермента. По этим сохранившимся фрагментам можно посчитать, насколько больше и насколько меньше рибосом сидело на разных участках мРНК. Таким способом можно выяснить, что рибосомы предпочли какой-нибудь нестандартный старт. То же самое можно проделать для разных мРНК. А меняя условия, в которых живут клетки, можно узнать, когда именно аппарат трансляции вдруг решает синтезировать альтернативные белки, закодированные в одной и той же мРНК.

Исследователи применили этот метод к крысиным клеткам, которым урезали кислород и глюкозу. По сути, такие условия похожи на то, что происходит в сердце и мозге (и других органах) при ишемической болезни и инсульте, так что практическое значение подобных исследований налицо. Клетка реагирует на меняющиеся условия среды, как следствие, одних белков в ней становится меньше, других — больше. Как можно изменить количество белка? Во-первых, через транскрипцию, то есть через количество мРНК-копий, синтезируемых на гене. Во-вторых, через трансляцию, то есть через количество самого белка, синтезируемого на мРНК. Дмитрий Андреев и его коллеги показали, что при недостатке кислорода и глюкозы изменения на уровне транскрипции затрагивают только около сотни генов и занимают около часа. А вот на уровне трансляции изменения происходят намного быстрее, в течение 20 минут, и затрагивают примерно три тысячи генов. Если речь идёт о том, как организм приспосабливается к гипоксии, эту разницу между транскрипцией и трансляцией нельзя не учитывать.

В смысле трансляционных изменений исследователи обнаружили много случаев тех самых нестандартных стартов, о которых говорилось выше. Главный старт на мРНК становится неглавным, рибосомы выбирают стартовые точки в лидере, который в других условиях они просто проезжают без остановок. В результате с мРНК сходит удлинённая версия белковой молекулы. В некоторых случаях с одной и той же мРНК сходят два совершенно разных белка: один синтезируется как обычно, а другой — со сдвигом рамки считывания, когда рибосома сдвигается на одну генетическую букву и перед ней открывается последовательность совсем других триплетов.

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Мухи вредные и полезные Мухи вредные и полезные

Насекомые — это как бы параллельный мир, окружающий нас повсюду

Наука и жизнь
Глазами другого Глазами другого

Когда на нас смотрят, мы открываем свою личность заново

Psychologies
Живительный церий Живительный церий

Прообразы будущих препаратов, которые могли бы получить практическое применение

Наука и жизнь
Там в саду при долине Там в саду при долине

Ландшафтная архитектура Арабеллы Леннокс-Бойд — рай, созданный руками женщины

Tatler
Цветы, сокрытые в тени Цветы, сокрытые в тени

Растение, похожее на ниндзя — кислица

Наука и жизнь
Как зарабатывать в интернете: самые востребованные профессии и советы эксперта Как зарабатывать в интернете: самые востребованные профессии и советы эксперта

Какие профессии «перебрались» в онлайн и сложно ли их освоить?

Psychologies
Космические нейтрино высоких энергий рождаются квазарами Космические нейтрино высоких энергий рождаются квазарами

Каждую секунду Земле проходят более 60 миллиардов нейтрино

Наука и жизнь
Физики впервые измерили две скорости звука в сверхтекучей пленке Физики впервые измерили две скорости звука в сверхтекучей пленке

Двухжидкостная модель теперь подтверждена и для двумерных сверхтекучих жидкостей

N+1
Силой мысли, или что обещает нам Илон Маск Силой мысли, или что обещает нам Илон Маск

Чего же Маск хотел в сфере нейроинтерфейсов, что сделал и что сможет сделать

Популярная механика
«Внутренняя рыба. История человеческого тела с древнейших времен до наших дней» «Внутренняя рыба. История человеческого тела с древнейших времен до наших дней»

Палеонтолог рассказывает об анатомии человека с опорой на знания о других видах

N+1
Чем грозит слабеющий гольфстрим? Чем грозит слабеющий гольфстрим?

Новые данные, уточняющие поведение Гольфстрима

Наука и жизнь
Многоликий никотин Многоликий никотин

Какую пользу может принести главный алкалоид табака

Наука
Гидрофойл для миллионов Гидрофойл для миллионов

Гидрофойл – доска на подводных крыльях для серфинга

Популярная механика
Проверено временем и народом! Легкие способы убрать второй подбородок Проверено временем и народом! Легкие способы убрать второй подбородок

Советы, которые помогут обрести острый овал лица

Cosmopolitan
Какие позы любят девушки? 9 самых-самых (бонус: позиции, которые их бесят) Какие позы любят девушки? 9 самых-самых (бонус: позиции, которые их бесят)

Какие позы любят девушки? 9 самых-самых (бонус: позиции, которые их бесят)

Playboy
Как Китай меняет людей и может ли иностранка стать «своей». Отрывок из книги Катерины Кулик «Лаовай» Как Китай меняет людей и может ли иностранка стать «своей». Отрывок из книги Катерины Кулик «Лаовай»

Отрывок из книги Катерины Кулик о её жизни в Китае

СНОБ
Как быстро похудеть мужчине: исчерпывающий список советов Как быстро похудеть мужчине: исчерпывающий список советов

Подборка эффективных и безопасных способов похудения в домашних условиях

Playboy
«Такое могло произойти только с женщиной»: как Бритни Спирс лишили права контролировать свою личную жизнь, финансы и карьеру «Такое могло произойти только с женщиной»: как Бритни Спирс лишили права контролировать свою личную жизнь, финансы и карьеру

Как в XXI Бритни Спирс могла лишиться права распоряжаться собой?

Forbes
Одного пола ягоды: существует ли на самом деле женская солидарность? Одного пола ягоды: существует ли на самом деле женская солидарность?

Антонина Козлова весьма скептически относится к идее женской солидарности

Cosmopolitan
Прожектор перестройки Прожектор перестройки

Что мешает российской экономике расти?

Forbes
До силикона использовали металл: история пластической хирургии До силикона использовали металл: история пластической хирургии

История пластической хирургии начинается с Древнего Египта

Cosmopolitan
Вам стоит простить себя за то, что вы… Вам стоит простить себя за то, что вы…

Больше не ругать себя за эти мысли и действия

Psychologies
Переохлаждение летом: как быстро согреться и не заболеть? Переохлаждение летом: как быстро согреться и не заболеть?

Набор упражнений, которые прогреют тело и защитят организм от заболеваний

Psychologies
Курс на Восток. С чего начать знакомство с восточной культурой Курс на Восток. С чего начать знакомство с восточной культурой

Всё, что нужно знать о современной восточной культуре

СНОБ
Волоски повысили износостойкость пчелиных брюшек Волоски повысили износостойкость пчелиных брюшек

С их помощью пчелы экономят 40 процентов энергии трения между сегментами брюшка

N+1
В долине реки Коа нашли крупнейшие палеолитические петроглифы с быками В долине реки Коа нашли крупнейшие палеолитические петроглифы с быками

Ученые нашли в Португалии древние наскальные изображения

N+1
S-класс «на батарейках»: первые впечатления от Mercedes-Benz EQS S-класс «на батарейках»: первые впечатления от Mercedes-Benz EQS

Самый аэродинамичный кузов в мире, запас хода в 770 км и зарядка за 15 минут

РБК
Корректировка смыслов. Тест-драйв Porsche Panamera 2021 года Корректировка смыслов. Тест-драйв Porsche Panamera 2021 года

Porsche Panamera 2021 — самая быстрая версия в истории

РБК
Театр FULCRO Театр FULCRO

Театральный феномен: проект FULCRO за полгода стал городской сенсацией

Собака.ru
Бизнес до востребования: как польский предприниматель переизобрел почту Бизнес до востребования: как польский предприниматель переизобрел почту

Польский «почтовый король» вывел компанию InPost из кризиса благодаря постаматам

Forbes
Открыть в приложении