Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Городские острова тепла вдвое снизили смертность людей из-за холода Городские острова тепла вдвое снизили смертность людей из-за холода

Городской остров тепла снижает смертность населения от холода на 51,5 процента

N+1
Для чего нужна клетчатка и как она влияет на здоровье Для чего нужна клетчатка и как она влияет на здоровье

Разбираемся, зачем употреблять пищевые волокна, которые нельзя переварить?

РБК
Распространявшиеся за счет гомфотериев чилийские растения так и не оправились от их вымирания Распространявшиеся за счет гомфотериев чилийские растения так и не оправились от их вымирания

Гомфотерии регулярно поедали плоды и участвовали в распространении семян

N+1
Излучение от томографа помогло при болезни Альцгеймера Излучение от томографа помогло при болезни Альцгеймера

Малые дозы радиации оказались эффективны в борьбе против болезни Альцгеймера

N+1
5 фраз, которые мгновенно выдают неуверенного в себе человека — и как научиться звучать уверенно 5 фраз, которые мгновенно выдают неуверенного в себе человека — и как научиться звучать уверенно

Каких именно слов и выражений стоит избегать, чтобы речь звучала тверже

VOICE
Греческий цветок заподозрили в привлечении опылителей запахом мертвых насекомых Греческий цветок заподозрили в привлечении опылителей запахом мертвых насекомых

Первый случай привлечения опылителей запахом разлагающихся беспозвоночных

N+1
7 качеств, которые помогут вам изменить свою жизнь 7 качеств, которые помогут вам изменить свою жизнь

Почему навыки soft skills так важны в современном мире?

Psychologies
Кайли Миноуг, Юлия Волкова и еще 7 знаменитых женщин, преодолевших рак Кайли Миноуг, Юлия Волкова и еще 7 знаменитых женщин, преодолевших рак

Ни cлава, ни богатство не дают гарантий того, что рак удастся избежать

Cosmopolitan
5 увлекательных биографий ученых, которые понравятся даже далеким от науки 5 увлекательных биографий ученых, которые понравятся даже далеким от науки

Биографии известных ученых, которые были интересными и веселыми людьми

Популярная механика
10 самых дорогих современных художников России 10 самых дорогих современных художников России

Самые дорогие работы современных российских художников

РБК
Исследование: сотрудники-звезды снижают эффективность команд Исследование: сотрудники-звезды снижают эффективность команд

Звезды в коллективе могут стать как благом, так и проклятием

Inc.
Пластырь с микроиглами доставил вакцину от вируса Денге в эпидермис мышей Пластырь с микроиглами доставил вакцину от вируса Денге в эпидермис мышей

Вакцина от вируса Денге оказалась эффективна при однократном введении

N+1
«Органы теряются, пациенты умирают».‎ Как бюрократия не дает трансплантологам лечить детей «Органы теряются, пациенты умирают».‎ Как бюрократия не дает трансплантологам лечить детей

Как медицинская бюрократия мешает врачам работать

СНОБ
Секреты жен миллиардеров: как похудели Хайек, Лонгория, Честейн и другие актрисы Секреты жен миллиардеров: как похудели Хайек, Лонгория, Честейн и другие актрисы

Голливудские актрисы раскрыли секреты стройности и красоты

Cosmopolitan
Радушный приём Радушный приём

Компактная квартира с удобным и функциональным интерьером

Идеи Вашего Дома
Как я живу на 130 тысяч в месяц: история программистки из Ростова-на-Дону Как я живу на 130 тысяч в месяц: история программистки из Ростова-на-Дону

Как живет ростовская программистка с бюджетом 130 тысяч в месяц

Cosmopolitan
Арт-резня Арт-резня

Михаил Трофименков о «Новом порядке» как имитации политического кино

Weekend
Красного прилива цвет Красного прилива цвет

О красных приливах бродит по миру множество слухов

Наука и жизнь
Почему некоторые экзопланеты со временем становятся меньше Почему некоторые экзопланеты со временем становятся меньше

Ученые: некоторые планеты со временем существенно уменьшаются в размерах

Популярная механика
Что советское противотанковое ружье могло пробить Что советское противотанковое ружье могло пробить

Как об стенку горох?

Maxim
Респектабельный центр Респектабельный центр

Апартаменты, в которых сочетаются респектабельные традиции и современные решения

Идеи Вашего Дома
Страстная любовь, измены и разводы: драмы звезд сериала «Моя прекрасная няня» Страстная любовь, измены и разводы: драмы звезд сериала «Моя прекрасная няня»

Как сложилась жизнь Анастасии Заворотнюк, Сергея Жигунова, Ольги Прокофьевой

Cosmopolitan
Секретный советский проект: атомный автомобиль Секретный советский проект: атомный автомобиль

История советского атомного автомобиля «Волга-Атом»

Популярная механика
Польза граната: 9 доказанных преимуществ для здоровья мужчин Польза граната: 9 доказанных преимуществ для здоровья мужчин

Чем полезен гранат?

Playboy
О чем рассказали жидкие включения внутри древних алмазов О чем рассказали жидкие включения внутри древних алмазов

Ученые определили три различных периода образования алмазов на территории Африки

Популярная механика
Гренландию назвали главным природным источником ртути в арктических водах Гренландию назвали главным природным источником ртути в арктических водах

Теплые ледниковые воды уносят ртуть из подледниковых пород Гренландии

N+1
Экологичный романтизм Экологичный романтизм

Маленькая квартира в новостройке с экологическими мотивами практичного дизайна

Идеи Вашего Дома
Строгая эстетика Строгая эстетика

Небольшая квартира в лаконичном интерьере, оформленном в стиле минимализм

Идеи Вашего Дома
Преддефолтная терапия: какие риски для российских компаний и банков несет новый пакет помощи Лукашенко Преддефолтная терапия: какие риски для российских компаний и банков несет новый пакет помощи Лукашенко

Признав победу Александра Лукашенко, Кремль стал заложником своих решений

Forbes
Как эффективнее принимать решения — метод офицера американских «морских котиков» Как эффективнее принимать решения — метод офицера американских «морских котиков»

Эти 5 принципов помогут быстро найти оптимальный выбор даже в сложной ситуации

Inc.
Открыть в приложении