Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Имплантируемый датчик вернул осязание крысиной лапе Имплантируемый датчик вернул осязание крысиной лапе

Устройство успешно восстановило чувствительность конечностей грызунов

N+1
Оптогенетика помогла частично восстановить зрение мужчине после 40 лет слепоты Оптогенетика помогла частично восстановить зрение мужчине после 40 лет слепоты

Ученые разрабатывают терапию для лечения пигментного ретинита

N+1
Нейросеть научилась правильно называть сложные химические соединения Нейросеть научилась правильно называть сложные химические соединения

Современным нейросетям по силам решать точные алгоритмические задачи

Популярная механика
Поп-ит и симпл-димпл: почему оторваться от игрушки из Поп-ит и симпл-димпл: почему оторваться от игрушки из

Почему мы тратим на поп-ит столько времени и что об этом думает наука?

Cosmopolitan
Искусство успокаивать детей Искусство успокаивать детей

Опытный педиатр отвечает на вопрос, почему дети плачут

kiozk originals
Секретный советский проект: атомный автомобиль Секретный советский проект: атомный автомобиль

История советского атомного автомобиля «Волга-Атом»

Популярная механика
Принц и бунтарка из народа: история любви короля Испании и его супруги Летиции Принц и бунтарка из народа: история любви короля Испании и его супруги Летиции

Не только британская королевская семья пользуется популярностью во всем мире

Cosmopolitan
Ледники наполняют реки Гренландии ртутью Ледники наполняют реки Гренландии ртутью

Одно из последствий глобального потепления

National Geographic
Будто в бронзе Будто в бронзе

На протяжении столетий отношение к загару не раз менялось

Forbes Life
Обнаружена древнейшая спиральная галактика Обнаружена древнейшая спиральная галактика

Эта галактика образовалась через 1,4 миллиарда лет после Большого взрыва

National Geographic
Как сделать фотостудию дома и что для этого нужно Как сделать фотостудию дома и что для этого нужно

Фотостудию можно оборудовать и своими силами в домашних условиях

CHIP
Как выглядят мужья и жены звезд фильмов о «друзьях Оушена»: Робертс и других Как выглядят мужья и жены звезд фильмов о «друзьях Оушена»: Робертс и других

Звезды фильмов о «друзьях Оушена», нашедшие себе пару вне и внутри шоу-бизнеса

Cosmopolitan
Глава ВТБ — РБК: «Превратиться в Северную Корею для нас невозможно» Глава ВТБ — РБК: «Превратиться в Северную Корею для нас невозможно»

Глава ВТБ Андрей Костин верит в восстановление экономики

РБК
Место под солнцем Место под солнцем

Когда Россия перейдет с угля и газа на возобновляемые источники энергии

РБК
Флагман индустрии Флагман индустрии

В СССР Нижний Новгород превратился в ведущий промышленный центр страны

Дилетант
Нейтрино ловят на глубине Нейтрино ловят на глубине

Как выглядят современные нейтринные детекторы

Наука и жизнь
Вышел из дома и не вернулся: трагичные судьбы детей – актеров советского кино Вышел из дома и не вернулся: трагичные судьбы детей – актеров советского кино

Слава не сделала их счастливыми, а судьба многих закончилась трагично

Cosmopolitan
«Магический ингредиент»: почему «кровавый» компонент искусственных котлет Impossible Foods критикуют фермеры и экологи «Магический ингредиент»: почему «кровавый» компонент искусственных котлет Impossible Foods критикуют фермеры и экологи

Что не так с искусственным мясом

VC.RU
«Влияние Илона не будет вечным». Виталик Бутерин дал интервью после обвала биткоина «Влияние Илона не будет вечным». Виталик Бутерин дал интервью после обвала биткоина

Создатель криптовалюты Ethereum Виталик Бутерин дал интервью

Inc.
Тверской квест Тверской квест

Компактная двушка, которую превратили в двухуровневый лофт

Идеи вашего дома
Шотландские раки-отшельники предпочли черные и красные раковины белым и желтым Шотландские раки-отшельники предпочли черные и красные раковины белым и желтым

При выборе раковин эти беспозвоночные ориентируется и на их окраску

N+1
Застой и идейная пустота власти Застой и идейная пустота власти

Главный вывод, который можно сделать из истории застоя

Эксперт
Школа контента Школа контента

Создавайте тексты, которые продают

kiozk originals
12 учителей рассказывают о самых глупых родительских выходках 12 учителей рассказывают о самых глупых родительских выходках

Ужасные поступки родителей, которые особо запомнились учителям

Cosmopolitan
Природа хотела как лучше. Как устроена любовь с точки зрения биологии — счастливая и несчастная Природа хотела как лучше. Как устроена любовь с точки зрения биологии — счастливая и несчастная

Механизмы любви, стратегии осознанного выбора и преодоление токсичных отношений

СНОБ
«Паства не хочет видеть меня либералом». Что бывает со священниками, которые поддерживают оппозицию «Паства не хочет видеть меня либералом». Что бывает со священниками, которые поддерживают оппозицию

Зачем клирики РПЦ выступали в защиту оппозиции и как их наказывали?

СНОБ
Как изменились актеры «Сумерек» спустя 9 лет после завершения киносаги Как изменились актеры «Сумерек» спустя 9 лет после завершения киносаги

Многих героев франшизы «Сумерки» не узнать!

Cosmopolitan
На краю стою На краю стою

Волонтуризм — ваш главный тренд этого лета

Vogue
Как с возрастом меняется женская сексуальность? Как с возрастом меняется женская сексуальность?

О том, каким бывает секс в разные периоды нашей жизни, рассказывает секс-коуч

Psychologies
«Психотерапевт — это человек вне морали и этики» «Психотерапевт — это человек вне морали и этики»

Психотерапевт Наталья Бехтерева продолжает исследовать душу в 5-м поколении

Собака.ru
Открыть в приложении