Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Астрономы отыскали удивительно развитую перемычку у спиральной галактики в ранней Вселенной Астрономы отыскали удивительно развитую перемычку у спиральной галактики в ранней Вселенной

Астрономы обнаружили у галактики J0107a необычно развитую центральную перемычку

N+1
1+1=3: эффект расширения 1+1=3: эффект расширения

Две объединенные квартиры, оформленные в лофтовой и индийской эстетике

Идеи Вашего Дома
У берегов Явы обнаружили обломки черепов поздних эректусов У берегов Явы обнаружили обломки черепов поздних эректусов

Впервые были описаны фрагменты черепов архаичных людей, поднятые у острова Ява

N+1
Почему подросткам не рады на детских площадках Почему подросткам не рады на детских площадках

Почему истории с участием подростков всегда вызывают бурю эмоций?

Psychologies
10 продуктов для здоровья волос в пожилом возрасте 10 продуктов для здоровья волос в пожилом возрасте

Как связаны здоровье волос и продукты, которые вы едите?

ТехИнсайдер
Россияне скупают недвижимость в Турции: зачем и можно ли на этом заработать Россияне скупают недвижимость в Турции: зачем и можно ли на этом заработать

Как покупать жилье в Турции, чтобы заработать?

Forbes
30 до 30. Финансы и инвестиции 30 до 30. Финансы и инвестиции

Список Forbes молодых и перспективных россиян. Финансы и инвестиции

Forbes
Квантование электрического заряда измерили линейкой Квантование электрического заряда измерили линейкой

Физики заставили каплю масла левитировать в оптической ловушке малой жесткости

N+1
Генетики впервые установили личность участника погибшей экспедиции Франклина Генетики впервые установили личность участника погибшей экспедиции Франклина

Останки с погибшей экспедиции Франклина принадлежали прапорщику Джону Грегори

N+1
Москва непраздничная: история провинциалки, которая пыталась покорить столицу Москва непраздничная: история провинциалки, которая пыталась покорить столицу

Наша героиня отправилась покорять Москву и устроилась работать в гипермаркет

Cosmopolitan
«Сумерки» 13 лет спустя: как сегодня выглядят главные актеры саги «Сумерки» 13 лет спустя: как сегодня выглядят главные актеры саги

Как изменились главные актеры самой романтичной вампирской саги

Cosmopolitan
30 до 30. Социальные практики 30 до 30. Социальные практики

Список Forbes молодых и перспективных россиян. Социальные практики

Forbes
Вопрос доверия Вопрос доверия

Что нужно, чтобы ребенок превратился в полноценного взрослого человека

СНОБ
Насилие, наркотики и самоубийства: фильмы про куртизанок, гейш и наложниц Насилие, наркотики и самоубийства: фильмы про куртизанок, гейш и наложниц

Фильмы про незавидную участь куртизанок

Cosmopolitan
Слушать кино: плей-лист режиссера «Конференции» Ивана И. Твердовского Слушать кино: плей-лист режиссера «Конференции» Ивана И. Твердовского

Подборка любимых треков от режиссера Ивана И. Твердовского

Esquire
Пластырь с антибиотиком в микроиглах справился со стафилококковой инфекцией в коже свиньи Пластырь с антибиотиком в микроиглах справился со стафилококковой инфекцией в коже свиньи

Пластырь с микроиглами, содержащими антибиотик, помог устранить стафилококк

N+1
10 лучших советских мультфильмов про кошек и собак 10 лучших советских мультфильмов про кошек и собак

Главные советские мультфильмы о кошках и собаках: рейтинг

Maxim
Притяженья больше нет: зачем владельцы «Дикси» продают сеть «Магниту» Притяженья больше нет: зачем владельцы «Дикси» продают сеть «Магниту»

Зачем «Магнит» покупает «Дикси»

Forbes
Жертвы пластических хирургов: российские звезды, которые неудачно увеличили губы Жертвы пластических хирургов: российские звезды, которые неудачно увеличили губы

Артистки, которые пытались усовершенствовать внешность

Cosmopolitan
Оставьте на месте: аппендицит можно лечить без операции Оставьте на месте: аппендицит можно лечить без операции

Аппендикс на самом деле вовсе не бесполезный отросток

Cosmopolitan
Привет из зазеркалья: есть ли в космосе антизвезды Привет из зазеркалья: есть ли в космосе антизвезды

Астрономы назвали 14 объектов, которые могут оказаться антизвездами

Forbes
6 ошибок, которые не совершают финансово грамотные люди 6 ошибок, которые не совершают финансово грамотные люди

Необдуманные шаги, которые не в правилах финансово грамотных людей?

Psychologies
Ты прекрасна, спору нет: что ты должна знать о своем теле Ты прекрасна, спору нет: что ты должна знать о своем теле

16 аргументов, которые помогут полюбить свое тело

Cosmopolitan
Генетики подтвердили повторное открытие считавшейся вымершей более ста лет черепахи Генетики подтвердили повторное открытие считавшейся вымершей более ста лет черепахи

Ученые переоткрыли вид черепах, считавшихся вымершими век назад

N+1
Может ли экологичный бизнес быть прибыльным в России? 6 факторов, на которые надо обратить внимание Может ли экологичный бизнес быть прибыльным в России? 6 факторов, на которые надо обратить внимание

Какие сложности ожидают бизнес, связанный с производством экотоваров

СНОБ
Как в Экселе протянуть формулу по строке или столбцу: 5 способов Как в Экселе протянуть формулу по строке или столбцу: 5 способов

Как протянуть формулу в Эксель в нужном направлении?

CHIP
Вот это закалка! Вот это закалка!

Рассказываем, как правильно закаливать себя и ребенка

Добрые советы
Поступить на финтех: как заработать на блогерах, стримерах и курьерах Поступить на финтех: как заработать на блогерах, стримерах и курьерах

Три простых правила для стартаперов, желающих выйти на рынок финтеха

Forbes
Как нормально отказать боссу Как нормально отказать боссу

Как отказать боссу

VC.RU
Уехать, чтобы вернуться к себе Уехать, чтобы вернуться к себе

Почему из отпуска мы часто возвращаемся разочарованными и усталыми?

Psychologies
Открыть в приложении