Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Известный по единственному крылу вид козодоев оказался гибридом Известный по единственному крылу вид козодоев оказался гибридом

Как ученые раскрыли одну из главных орнитологических загадок спустя 35 лет

N+1
5 главных ошибок в ведении бюджетa: обнаружить и исправить 5 главных ошибок в ведении бюджетa: обнаружить и исправить

Как избежать самых распространенных ошибок в ведении бюджета

Psychologies
Стремечко назвали идеальной костью для палеогеномного исследования Стремечко назвали идеальной костью для палеогеномного исследования

Почему при анализе древней ДНК нужно отдавать предпочтение стремечку

N+1
Как в Экселе протянуть формулу по строке или столбцу: 5 способов Как в Экселе протянуть формулу по строке или столбцу: 5 способов

Как протянуть формулу в Эксель в нужном направлении?

CHIP
От Чувака до Гарфилда: 13 киногероев, которые сделали лень культовой От Чувака до Гарфилда: 13 киногероев, которые сделали лень культовой

Киногерои, чье бездействие стало зеркалом тревог и надежд целых поколений

Правила жизни
TikTok против Трампа: как соцсеть для подростков угодила в политический скандал, который мог стоить ей части бизнеса TikTok против Трампа: как соцсеть для подростков угодила в политический скандал, который мог стоить ей части бизнеса

Как TikTok победил в войне с Дональном Трампом, переживая корпоративную драму?

Forbes
«Самый дорогой развод»: суд в Англии разрешил бывшей жене Потанина подать новый иск о разделе имущества «Самый дорогой развод»: суд в Англии разрешил бывшей жене Потанина подать новый иск о разделе имущества

Миллиардеру Владимиру Потанину грозит самый дорогой раздел имущества

Forbes
«Нужно стремиться к радикальным прорывам, иначе как достичь результата?» «Нужно стремиться к радикальным прорывам, иначе как достичь результата?»

Высказывания известных предпринимателей о ведении инновационного бизнеса

РБК
Почему звезды предпочитают готовить сами и какие рецепты можно повторить Почему звезды предпочитают готовить сами и какие рецепты можно повторить

Cамые интересные и простые рецепты блюд, которые звезды готовят на своих кухнях

РБК
Генетическое редактирование спасло приматов от повышенного уровня холестерина Генетическое редактирование спасло приматов от повышенного уровня холестерина

Эффективность редактирования позволила снизить содержание липопротеинов в крови

N+1
«Нас перепутали в роддоме» «Нас перепутали в роддоме»

Каково это, во взрослом возрасте принять правду и научиться с ней жить?

Psychologies
Обнаружено письмо Эйнштейна о пчелах и перелетных птицах Обнаружено письмо Эйнштейна о пчелах и перелетных птицах

Альберт Эйнштейн размышляет, как изучение животных может помочь физикам

N+1
Семь секретов стратегии Continuous Listening Семь секретов стратегии Continuous Listening

Как создать сильную команду, которая сама будет притягивать сильных сотрудников

Forbes
Ванесса Кирби. Фрагменты женщины Ванесса Кирби. Фрагменты женщины

Не было в ее жизни за все тридцать три года роли страшнее и трагичнее

Караван историй
Как я перестал волноваться и изобрел водородную бомбу: 100 лет Андрею Сахарову Как я перестал волноваться и изобрел водородную бомбу: 100 лет Андрею Сахарову

Как Андрей Сахаров из физика-теоретика превратился в диссидента и общественника

Cosmopolitan
Лиза Адаменко и еще 5 звезд, ставших жертвами домашнего насилия в молодости Лиза Адаменко и еще 5 звезд, ставших жертвами домашнего насилия в молодости

Все наши героини когда-то встретили своих принцев - взрослых, опытных, умных

Cosmopolitan
Николаевская Россия Николаевская Россия

Интервью с великим и прекрасным Николаем Усковым

GQ
Флагман индустрии Флагман индустрии

В СССР Нижний Новгород превратился в ведущий промышленный центр страны

Дилетант
Строение глаз и внутреннего уха выдало в динозаврах-муравьедах ночных охотников Строение глаз и внутреннего уха выдало в динозаврах-муравьедах ночных охотников

Мелкие хищные динозавры альваресзавриды могли быть ночными охотниками

N+1
5 ошибок сооснователя justfood Сергея Королёва 5 ошибок сооснователя justfood Сергея Королёва

Основатель сервиса доставки здорового питания о своих главных ошибках

Inc.
Поэты бессеребряного века. О новых книгах Евгения и Василия Поповых Поэты бессеребряного века. О новых книгах Евгения и Василия Поповых

«В поисках утраченной духовности». Книги отца и сына Поповых

СНОБ
Смешанное расстройство Смешанное расстройство

Что делать, когда обычный здоровый ребенок ведет себя непредсказуемо?

СНОБ
Камышовки поднялись на шесть километров во время перелета над Сахарой и Средиземным морем Камышовки поднялись на шесть километров во время перелета над Сахарой и Средиземным морем

Дроздовидные камышовки во время миграций дважды в год пересекают Сахару

N+1
Пролет над гнездом Батьки. Что стоит за задержанием Романа Протасевича Пролет над гнездом Батьки. Что стоит за задержанием Романа Протасевича

Белорусские власти захватили бывшего главреда Nexta по закону

СНОБ
30 до 30. Искусство 30 до 30. Искусство

Список Forbes молодых и перспективных россиян. Искусство

Forbes
Точность классических часов оказалась прямо пропорциональна темпу производства энтропии Точность классических часов оказалась прямо пропорциональна темпу производства энтропии

Ученые: между точностью измерения времени и энтропией может быть линейная связь

N+1
Шрам, лайк и видео Шрам, лайк и видео

«Мейнстрим» Джиа Копполы — устаревшее высказывание о вреде интернета

Weekend
Бег без препятствий Бег без препятствий

Плюсы и минусы бега

Здоровье
Союз спасения Союз спасения

Герои «Татлера» просят не покупать собак, а брать из приюта

Tatler
Научное сообщество признало допустимым эксперименты на человеческих зародышах старше 14 дней Научное сообщество признало допустимым эксперименты на человеческих зародышах старше 14 дней

Этические рекомендации для экспериментов с клетками и зародышами человека

N+1
Открыть в приложении