Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

В палеолитическом пещерном святилище впервые нашли голубые краски В палеолитическом пещерном святилище впервые нашли голубые краски

Люди эпохи верхнего палеолита пользовались красками голубых оттенков

N+1
Как удалить страницу в Одноклассниках на ПК или смартфоне Как удалить страницу в Одноклассниках на ПК или смартфоне

Удалить страницу в Одноклассниках можно даже без доступа к ней

CHIP
Доказано: физическая активность на свежем воздухе полезнее, чем в помещении Доказано: физическая активность на свежем воздухе полезнее, чем в помещении

Как свежий воздух усиливает эффект от физической активности

ТехИнсайдер
Нумерация страниц в Опен Офис: простая инструкция Нумерация страниц в Опен Офис: простая инструкция

Open Office представляет собой отличный и, главное, бесплатный аналог MS Office

CHIP
«Поел морковки и пожелтел»: какие витамины нам не нужны «Поел морковки и пожелтел»: какие витамины нам не нужны

Какими рисками чревато расхожее «попей витаминчиков», откуда взялась эта мода?

РБК
Чем кормить испанца Чем кормить испанца

Московский копирайтер приобрел фуд-трак и начал готовить для испанцев гамбургеры

Вокруг света
«Я нашел свой путь в зрелом возрасте» «Я нашел свой путь в зрелом возрасте»

Как понять, где наша настоящая жизнь и когда не поздно начинать ее?

Psychologies
Из официанток в жены звезд: Из официанток в жены звезд:

Встретить богатого и знаменитого можно, даже если ты работаешь официанткой

Cosmopolitan
Идеальная белая футболка: где искать, как выбирать и с чем носить Идеальная белая футболка: где искать, как выбирать и с чем носить

Та самая идеальная белая футболка — святой Грааль мужского гардероба

Esquire
Феминистка, стрелявшая в императора по его просьбе: история Энни Оукли Феминистка, стрелявшая в императора по его просьбе: история Энни Оукли

Энни Оукли по прозвищу «Малышка Меткий Выстрел»

Cosmopolitan
Грубый охранник, просрочка, обман: как избежать проблем в косметическом магазине Грубый охранник, просрочка, обман: как избежать проблем в косметическом магазине

Законные способы избежать распространенных проблем в косметическом магазине

Cosmopolitan
VR-кисточка с регулируемой жесткостью позволила погладить виртуального котенка VR-кисточка с регулируемой жесткостью позволила погладить виртуального котенка

Устройство HairTouch, подсоединенное к VR-контроллеру, позволило погладить кота

N+1
Красотки с рождения? Как выглядели знаменитые модели в детстве Красотки с рождения? Как выглядели знаменитые модели в детстве

Были ли известные на весь мир модели такими очаровательными в юном возрасте?

Cosmopolitan
Почему полеты в космос настолько дорогие? Почему Почему полеты в космос настолько дорогие? Почему

Отвечаем на 15 базовых вопросов о космосе

Esquire
Секрет микроскопа Левенгука оказался секретом Гука Секрет микроскопа Левенгука оказался секретом Гука

Способ изготовления линзы микроскопа установили методом нейтронной томографии

N+1
Пред кем унизились цари? Пред кем унизились цари?

Каким мы представляем Наполеона и откуда это взялось

Weekend
Светская львица и кузина: с кем принц Чарльз встречался до Дианы Спенсер Светская львица и кузина: с кем принц Чарльз встречался до Дианы Спенсер

Единственной настоящей любовью принца Чарльза всегда была Камилла Паркер-Боулз

Cosmopolitan
5 известных книг, которые писались в годы эпидемий 5 известных книг, которые писались в годы эпидемий

Произведения литературы, которые создавались в самых неподходящих условиях

Культура.РФ
Какими были древнейшие инструменты для татуировок из птичьих костей Какими были древнейшие инструменты для татуировок из птичьих костей

Ученые: древние индейцы использовали кости индейки для нанесения татуировок

Популярная механика
Дачный сезон Дачный сезон

Зачем Олегу Тинькову экспедиционное судно La Datcha Expedition Yacht 77

Forbes Life
Второй, продовольственный Второй, продовольственный

«Второй фронт» – так иронически называли поставки продовольствия по ленд-лизу

Дилетант
Пролет над гнездом Батьки. Что стоит за задержанием Романа Протасевича Пролет над гнездом Батьки. Что стоит за задержанием Романа Протасевича

Белорусские власти захватили бывшего главреда Nexta по закону

СНОБ
Европейцы погубили половину популяций змей и ящериц Гваделупы Европейцы погубили половину популяций змей и ящериц Гваделупы

Гваделупским рептилиям навредили завезенные хищники и разрушение среды обитания

N+1
Следы гравитационных волн помогут найти космические струны Следы гравитационных волн помогут найти космические струны

Космос должен быть полон трещин в пространстве-времени

Популярная механика
Собери сам: инженер продаёт набор для сборки дискового телефона с изогнутым экраном и 4G за $390 Собери сам: инженер продаёт набор для сборки дискового телефона с изогнутым экраном и 4G за $390

Для тех, кто соскучился по аналоговым устройствам в «сенсорном» мире

VC.RU
О чем рассказали жидкие включения внутри древних алмазов О чем рассказали жидкие включения внутри древних алмазов

Ученые определили три различных периода образования алмазов на территории Африки

Популярная механика
TikTok против Трампа: как соцсеть для подростков угодила в политический скандал, который мог стоить ей части бизнеса TikTok против Трампа: как соцсеть для подростков угодила в политический скандал, который мог стоить ей части бизнеса

Как TikTok победил в войне с Дональном Трампом, переживая корпоративную драму?

Forbes
Новый вид мозазавров указал на расцвет этой группы перед вымиранием Новый вид мозазавров указал на расцвет этой группы перед вымиранием

Окаменелости нового вида обнаружены в меловом местонахождении в Марокко

N+1
Утерянные более ста лет назад кости викингов нашли в неправильно подписанной коробке Утерянные более ста лет назад кости викингов нашли в неправильно подписанной коробке

В Национальном музее Дании обнаружили останки из знаменитого кургана Бьеррингхея

N+1
12 знаменитостей, которые преуспели в бизнесе 12 знаменитостей, которые преуспели в бизнесе

Эти артисты проявили себя с неожиданной бизнес-стороны

РБК
Открыть в приложении