Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Детский плач в возрасте пяти месяцев связали с наследственностью Детский плач в возрасте пяти месяцев связали с наследственностью

Генетические факторы отвечают за 70 процентов плача

N+1
Была цель дожить до вечера и не покончить с собой: как я победила созависимость Была цель дожить до вечера и не покончить с собой: как я победила созависимость

Наша героиня рассказывает, как вырваться из нездоровых отношений

Cosmopolitan
Здоровые привычки для сердца имеют огромный эффект для всего тела Здоровые привычки для сердца имеют огромный эффект для всего тела

Как хорошее здоровье сердца поддерживает работу практически всех систем органов

ТехИнсайдер
Биосенсор на основе серотонинового рецептора обнаружил негаллюциногенный психоделик Биосенсор на основе серотонинового рецептора обнаружил негаллюциногенный психоделик

Психоделик без галлюциногенного эффекта, но с антидепрессантыми свойствами

N+1
Большое плавание Большое плавание

Экскурсия по «Планете Океан»

Weekend
8 ужастиков с самыми зловещими концовками 8 ужастиков с самыми зловещими концовками

Никакого хеппи-энда, только хардкор!

Maxim
Тело как улика Тело как улика

10 советов и техник, которые помогут принять себя и свое отражение в зеркале

Лиза
Мама, у меня получилось! Безусловное принятие и здоровая самооценка Мама, у меня получилось! Безусловное принятие и здоровая самооценка

Случалось ли вам чувствовать себя никчемным?

Домашний Очаг
Делай ноги! Как вырасти на 10 сантиметров и даже больше Делай ноги! Как вырасти на 10 сантиметров и даже больше

Больно, долго, дорого, но потом ты сам себе будешь завидовать

Maxim
Польза граната: 9 доказанных преимуществ для здоровья мужчин Польза граната: 9 доказанных преимуществ для здоровья мужчин

Чем полезен гранат?

Playboy
Орнитологи призвали запретить ветеринарный диклофенак в Европе ради спасения грифов Орнитологи призвали запретить ветеринарный диклофенак в Европе ради спасения грифов

Препарат диклофенак смертельно опасен для грифов и других пернатых падальщиков

N+1
По ту сторону подиума: как живут модели перед крупными показами и съемками По ту сторону подиума: как живут модели перед крупными показами и съемками

Как живут девушки, которые демонстрируют творения крупнейших модных домов?

Cosmopolitan
Как британцы создали в США первую фабрику троллей и дважды втянули американцев в войну Как британцы создали в США первую фабрику троллей и дважды втянули американцев в войну

Краткая история иностранного вмешательства во внутренние дела Америки

Weekend
Жизнь незрячего. Отрывок из книги Сергея Сдобнова «Не вижу текста» Жизнь незрячего. Отрывок из книги Сергея Сдобнова «Не вижу текста»

Первая глава книги Сергея Сдобнова «Не вижу текста»

СНОБ
Трагические судьбы звезд сериала «Участок»: Краско, Галкина, Булдакова и других Трагические судьбы звезд сериала «Участок»: Краско, Галкина, Булдакова и других

Сериал «Участок» сразу полюбился отечественному зрителю

Cosmopolitan
5 главных ошибок в ведении бюджетa: обнаружить и исправить 5 главных ошибок в ведении бюджетa: обнаружить и исправить

Как избежать самых распространенных ошибок в ведении бюджета

Psychologies
Как выглядят жены Дюжева, Бурковского и других звезд фильма «Тобол» Как выглядят жены Дюжева, Бурковского и других звезд фильма «Тобол»

Звезды фильма «Тобол», которые обрели свое счастье в реальной жизни

Cosmopolitan
Научный способ заряжаться энергией по утрам Научный способ заряжаться энергией по утрам

Как чувствовать себя по утрам бодрым и довольным?

Psychologies
Как сейчас выглядят любимые девушки Данилы Багрова из «Брата» и «Брата-2» Как сейчас выглядят любимые девушки Данилы Багрова из «Брата» и «Брата-2»

Актрисы, давшие образы героиням фильмов «Брата» и «Брат-2»

Cosmopolitan
Как одежда превращает тебя в старуху Как одежда превращает тебя в старуху

Что такое возрастной потенциал одежды и как не дать ему добавить тебе годков

Cosmopolitan
На месте первого испытания атомной бомбы нашли новый квазикристалл На месте первого испытания атомной бомбы нашли новый квазикристалл

Ученые обнаружили самый старый квазикристалл антропогенного происхождения

N+1
Требуется специалист от 30 до 40 лет. Как победить эйджизм на рынке труда Требуется специалист от 30 до 40 лет. Как победить эйджизм на рынке труда

Эйджизм бьет и по сотрудникам старше сорока, и по юным соискателям

СНОБ
Обманные пункты Обманные пункты

Схемы, изобретенные находчивыми онлайн-мошенниками

Cosmopolitan
Плохая, плохая мать: как мы на самом деле относимся к молодым матерям Плохая, плохая мать: как мы на самом деле относимся к молодым матерям

Пугающе точное отражение того, что приходится переживать молодым матерям

Cosmopolitan
Ошибка Илона Маска: ученые доказали, что люди не живут в виртуальной Вселенной Ошибка Илона Маска: ученые доказали, что люди не живут в виртуальной Вселенной

Почему люди не могут быть обитателями невероятно сложной виртуальной симуляции

Популярная механика
Контекст может всё разрушить Контекст может всё разрушить

Переговорный приём, о котором вам не рассказывали

VC.RU
Петь в опере и танцевать брейкданс: кто такой Якуб Орлинский Петь в опере и танцевать брейкданс: кто такой Якуб Орлинский

Якуб Юзеф Орлинский — оперный певец, увлекающийся брейк-дансом

РБК
Я помню Я помню

У каждой семьи свои истории и «знаки войны». Мы тоже решили поделиться своими

Seasons of life
Придумайте мне лодку! Придумайте мне лодку!

Где проходит грань между невероятными концептами и реальными суперъяхтами?

Robb Report
Силой мысли, или что обещает нам Илон Маск Силой мысли, или что обещает нам Илон Маск

Чего же Маск хотел в сфере нейроинтерфейсов, что сделал и что сможет сделать

Популярная механика
Открыть в приложении