Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Химики воспроизвели межзвездный синтез всех молекул цикла Кребса Химики воспроизвели межзвездный синтез всех молекул цикла Кребса

Химики в лаборатории синтезировали весь набор карбоновых кислот из цикла Кребса

N+1
Нумерация страниц в Опен Офис: простая инструкция Нумерация страниц в Опен Офис: простая инструкция

Open Office представляет собой отличный и, главное, бесплатный аналог MS Office

CHIP
Астрономы отыскали удивительно развитую перемычку у спиральной галактики в ранней Вселенной Астрономы отыскали удивительно развитую перемычку у спиральной галактики в ранней Вселенной

Астрономы обнаружили у галактики J0107a необычно развитую центральную перемычку

N+1
Почему незнакомые мужчины называют меня «зайкой» и «киской»? Почему незнакомые мужчины называют меня «зайкой» и «киской»?

Почему мужчины легко позволяют себе переходить «ты»?

Psychologies
«Болезни Империи. Как пытки рабов и зверства во время войн изменили медицину» «Болезни Империи. Как пытки рабов и зверства во время войн изменили медицину»

Почему во время Крымской войны большинство солдат погибало в госпиталях

N+1
Сверхвысокое разрешение в микроскопии стало возможно без флуоресценции Сверхвысокое разрешение в микроскопии стало возможно без флуоресценции

Удалось получить изображение с разрешением, превосходящим дифракционный предел

N+1
Зачем мужчине нужен косметолог и пластический хирург Зачем мужчине нужен косметолог и пластический хирург

Как косметолог и пластический хирург помогут вам принять себя

GQ
Светская львица и кузина: с кем принц Чарльз встречался до Дианы Спенсер Светская львица и кузина: с кем принц Чарльз встречался до Дианы Спенсер

Единственной настоящей любовью принца Чарльза всегда была Камилла Паркер-Боулз

Cosmopolitan
От провинциалки до звезды красных дорожек: бьюти-эволюция Виктории Бони От провинциалки до звезды красных дорожек: бьюти-эволюция Виктории Бони

Посмотрим, как Виктория изменилась за последние 15 лет!

Cosmopolitan
Не только кашель: 7 признаков рака легкого, которые нельзя игнорировать Не только кашель: 7 признаков рака легкого, которые нельзя игнорировать

На что нужно обратить внимание, чтобы не пропустить и не запустить рак легких

Cosmopolitan
На 10 девчонок 12 ребят: как ограничение рождаемости в Китае привело к дефициту женщин На 10 девчонок 12 ребят: как ограничение рождаемости в Китае привело к дефициту женщин

Как в Китае возник гендерный дисбаланс и изменилось положение женщин

Forbes
Кто такие кантонисты? Кто такие кантонисты?

Русское сословие, обеспечивающее кадрами армию

Культура.РФ
Сухой закон Сухой закон

Как уменьшить выделение пота в жару и справиться с неприятным запахом?

Добрые советы
Светлана Бронникова: «Мы живём в мире, где худое тело имеет высокую ценность» Светлана Бронникова: «Мы живём в мире, где худое тело имеет высокую ценность»

Что приводит к РПП и поддается ли оно коррекции

Здоровье
«Одни по купонам горшки лепили, другие — песни»: монолог владельца Resonant Arts, где записывают рэперов, Познера и Дудя «Одни по купонам горшки лепили, другие — песни»: монолог владельца Resonant Arts, где записывают рэперов, Познера и Дудя

Дмитрий Бабак за 10 лет смог сделать из убыточной студии прибыльный бизнес

VC.RU
От контемпорари до вога: 9 видов грязных (нет) танцев, которые сделают из любого парня звезду От контемпорари до вога: 9 видов грязных (нет) танцев, которые сделают из любого парня звезду

Всего три слова: ловкость, раскрепощенность, сексуальность

Playboy
«Новгороду быть!» «Новгороду быть!»

Почему Нижний Новгород Нижний и Новый

Дилетант
Соки, мороженое, сгущенка и еще пять вещей, которые Микоян внедрил в СССР после поездки в США Соки, мороженое, сгущенка и еще пять вещей, которые Микоян внедрил в СССР после поездки в США

Анастас Микоян сделал советское меню таким, каким мы его знаем сейчас

Maxim
Глава WeWork заявил, что удалёнка нравится тем, кто мало вовлечен в работу. Его осудили за категоричность и предвзятость Глава WeWork заявил, что удалёнка нравится тем, кто мало вовлечен в работу. Его осудили за категоричность и предвзятость

Глава WeWork заявил, что удалёнка нравится лишь менее вовлечённым сотрудникам

Inc.
Экземпляр единственный Экземпляр единственный

Потери авиации на советско-германском фронте в июне — июле 1941 года

Дилетант
Как эффективнее принимать решения — метод офицера американских «морских котиков» Как эффективнее принимать решения — метод офицера американских «морских котиков»

Эти 5 принципов помогут быстро найти оптимальный выбор даже в сложной ситуации

Inc.
Игровое кино Игровое кино

Тимур Бекмамбетов — о технологии съемки воздушного боя внутри компьютерной игры

Популярная механика
Женщины с верху. Все о главном объекте твоих фантазий — стюардессах! Женщины с верху. Все о главном объекте твоих фантазий — стюардессах!

Стюардессы являются главным объектом мужских фантазий

Maxim
Красотки с рождения? Как выглядели знаменитые модели в детстве Красотки с рождения? Как выглядели знаменитые модели в детстве

Были ли известные на весь мир модели такими очаровательными в юном возрасте?

Cosmopolitan
Создан новый революционный механизм редактирования генома без необходимости разрезать ДНК Создан новый революционный механизм редактирования генома без необходимости разрезать ДНК

Ученые разработали систему генной инженерии Retron Library Recombineering

Популярная механика
Поколение Doom'еров: правда ли видеоигры влияют на массовые расстрелы в школах? Поколение Doom'еров: правда ли видеоигры влияют на массовые расстрелы в школах?

Связаны ли экшен-шутеры с массовыми убийствами

Esquire
«Не пытайся изобразить то, что уже слышал»: композитор Анна Друбич — о работе с Гильермо дель Торо и Валерием Тодоровским «Не пытайся изобразить то, что уже слышал»: композитор Анна Друбич — о работе с Гильермо дель Торо и Валерием Тодоровским

Кинокомпозитор Анна Друбич о позиции женщин в индустрии

Forbes
Можно все! 25 доказательств того, что после 30 жизнь становится только лучше Можно все! 25 доказательств того, что после 30 жизнь становится только лучше

Кажется, что после 30 лет все меняется и... не в лучшую сторону, но это не так!

Cosmopolitan
Рост юрского динозавра связали с условиями окружающей среды Рост юрского динозавра связали с условиями окружающей среды

Палеонтологи исследовали гистологические срезы костей раннеюрского динозавра

N+1
В начале была нота: почему саундтрек так важен и как он преображает фильм В начале была нота: почему саундтрек так важен и как он преображает фильм

В начале была нота: почему саундтрек важен и как он преображает фильм

Esquire
Открыть в приложении