Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Детский плач в возрасте пяти месяцев связали с наследственностью Детский плач в возрасте пяти месяцев связали с наследственностью

Генетические факторы отвечают за 70 процентов плача

N+1
В Казахстане раскопали погребения восьми мужчин-воинов и женщины-жрицы эпохи ранних кочевников В Казахстане раскопали погребения восьми мужчин-воинов и женщины-жрицы эпохи ранних кочевников

Эти номады умерли в конце VI – начале V века до нашей эры

N+1
Колорадские жабы оказались под угрозой из-за высокого спроса на их психоактивный яд Колорадские жабы оказались под угрозой из-за высокого спроса на их психоактивный яд

Почему снижается численность колорадских жаб

N+1
Из чего делают стекло: секреты состава удивительного материала Из чего делают стекло: секреты состава удивительного материала

Как в реальности создают стекло?

ТехИнсайдер
План Б План Б

Как пережить несчастье, собраться с силами и снова ощутить радость жизни

kiozk originals
7 советов, которые помогут похудеть после 40 лет 7 советов, которые помогут похудеть после 40 лет

Кто сказал, что красивая фигура после 40 лет – сложно?

ТехИнсайдер
Атмосфера 90-х и озеро-море: как москвичка отдохнула в санатории на Иссык-Куле за 250 тысяч рублей Атмосфера 90-х и озеро-море: как москвичка отдохнула в санатории на Иссык-Куле за 250 тысяч рублей

Отзыв о двухнедельном путешествии по Кыргызстану

Вокруг света
МРТ-сканер в виде пиратской шхуны: как геймификация помогает в работе и жизни МРТ-сканер в виде пиратской шхуны: как геймификация помогает в работе и жизни

Как игры помогают добиваться целей в работе и в жизни?

Forbes
«Подбрасывание лисиц и другие забытые и опасные виды спорта». Гид по маргинальным развлечениям прошлого «Подбрасывание лисиц и другие забытые и опасные виды спорта». Гид по маргинальным развлечениям прошлого

Вряд ли кто-то из вас пробовал конный бокс или рукопашный бой с медведем

N+1
«Да я из-за тебя…»: 20 фраз, которые выдадут в мужчине токсичного отца «Да я из-за тебя…»: 20 фраз, которые выдадут в мужчине токсичного отца

Какие фразы свидетельствуют о том, что мужчина — токсичный родитель?

Psychologies
Людмила Петрановская: Про возраст, время и подснежники Людмила Петрановская: Про возраст, время и подснежники

Отрывок из книги психолога Людмилы Петрановской «Взрослые и дети. #Многобукв»

СНОБ
Зависимость от новостей связана не только с проблемами психологического здоровья, но и физического Зависимость от новостей связана не только с проблемами психологического здоровья, но и физического

Думскроллеры чаще страдают от стресса и физического недомогания

ТехИнсайдер
Не спешите считать овец: 6 необычных способов заснуть Не спешите считать овец: 6 необычных способов заснуть

Мучает бессонница? Неочевидные приемы, которые помогут уснуть

Psychologies
В каких фруктах и ягодах больше всего белка В каких фруктах и ягодах больше всего белка

Что поможет тебе не только восполнить дефицит витаминов, но и набрать массу

Maxim
Новая «нормальность» российского свиноводства Новая «нормальность» российского свиноводства

Перспективы развития сектора российского свиноводства в 2022–2025 годах

Агроинвестор
Что опаснее для ребенка: игра Among Us, новое видео А4 или онлайн-груминг? Что опаснее для ребенка: игра Among Us, новое видео А4 или онлайн-груминг?

Многие родители сражаются не с теми врагами в интернете

Psychologies
«Хотел попробовать девственность»: история маньяка Романа Бурцева, который охотился на девочек «Хотел попробовать девственность»: история маньяка Романа Бурцева, который охотился на девочек

Роман Бурцев — самый яркий маньяк 90-х

VOICE
«Я стесняюсь говорить о своих желаниях»: как преодолеть робость и получать от окружающих то, что нам нужно «Я стесняюсь говорить о своих желаниях»: как преодолеть робость и получать от окружающих то, что нам нужно

Как справиться с нерешительностью?

Psychologies
С кем из знаменитостей знакома королева Елизавета: от Мэрилин Монро до Леди Гаги С кем из знаменитостей знакома королева Елизавета: от Мэрилин Монро до Леди Гаги

Елизавета II за 70 лет в статусе королевы повидала немало знаменитостей

VOICE
Лучше Джиллиан Майклс и Джейн Фонды: как Хлое Тинг помогла похудеть миллионам девушек по всему миру Лучше Джиллиан Майклс и Джейн Фонды: как Хлое Тинг помогла похудеть миллионам девушек по всему миру

Имя Хлое Тинг знакомо миллионам девушек. Почему она так популярна?

VOICE
Возвращение бизонов сделало растительность прерий более разнообразной Возвращение бизонов сделало растительность прерий более разнообразной

Реинтродукция бизонов положительно сказывается на местной флоре

N+1
Право матери-ехидны. Как наладить отношения с детьми, если после развода они остались с отцом Право матери-ехидны. Как наладить отношения с детьми, если после развода они остались с отцом

Как матери вести себя после развода и расставания с детьми?

СНОБ
«Муж купил другу дом, хотя у нас самих нет жилья» «Муж купил другу дом, хотя у нас самих нет жилья»

Что делать, если щедрость партнера работает не в вашу пользу?

Psychologies
Сизые горожане Сизые горожане

Почему голуби стали жить рядом с человеком?

Вокруг света
Вы точно мечтаете об электромобиле? Ваше мнение изменится, когда мы расскажем про их шины Вы точно мечтаете об электромобиле? Ваше мнение изменится, когда мы расскажем про их шины

Как быстро изнашиваются шины у электромобиля и как дорого стоит их замена

ТехИнсайдер
Как спланировать бюджет на месяц, чтобы сэкономить и заработать на мечту Как спланировать бюджет на месяц, чтобы сэкономить и заработать на мечту

Чтобы сэкономить на ненужных тратах и заработать больше, нужно составить бюджет

ТехИнсайдер
Ломать и строить Ломать и строить

Пожары, наводнения и набеги врагов развивали градостроительство

Вокруг света
Счастье не за горами Счастье не за горами

Пермь – культурная столица Урала. Есть повод присмотреться к ней поближе

Лиза
Гид по косметологии: что делать в 20, 30, 40 и 50 лет Гид по косметологии: что делать в 20, 30, 40 и 50 лет

Зачем ходить к косметологу, если все устраивает и жалоб нет?

Psychologies
Почему вы просыпаетесь уставшим: 8 причин Почему вы просыпаетесь уставшим: 8 причин

Многие люди часто не просто не высыпаются, а встают разбитыми и уставшими

ТехИнсайдер
Открыть в приложении