Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Ответственность за три четверти ожидаемых случаев рака желудка возложили на хеликобактер Ответственность за три четверти ожидаемых случаев рака желудка возложили на хеликобактер

Хроническая инфекция хеликобактер служит основной причиной рака желудка

N+1
Лучшие книги по психологии: исцеление от травм, развитие силы воли и обретение счастья Лучшие книги по психологии: исцеление от травм, развитие силы воли и обретение счастья

Тренд на психологическую грамотность ввел моду на соответствующую литературу

VOICE
Зоологи подтвердили крайнюю редкость рака у черепах Зоологи подтвердили крайнюю редкость рака у черепах

Почему злокачественные опухоли редко встречаются у черепах

N+1
Ученые: некоторые виды стресса могут улучшить работу мозга и снизить риск психических заболеваний Ученые: некоторые виды стресса могут улучшить работу мозга и снизить риск психических заболеваний

Стресс может быть полезен для мозга и вашего будущего

Inc.
Развод и утрата: как справиться с последствиями Развод и утрата: как справиться с последствиями

Как утрата влияет на наше психологическое состояние?

VOICE
Как делают футбольные мячи: простая вещь со сложной разработкой Как делают футбольные мячи: простая вещь со сложной разработкой

Создание профессионального футбольного мяча — это целая наука

ТехИнсайдер
Секреты стиля Патрика Шварценеггера — от белых костюмов до выверенной базы Секреты стиля Патрика Шварценеггера — от белых костюмов до выверенной базы

Разбираем стиль Патрика Шварценеггера на составляющие

Правила жизни
Урок для родителей Урок для родителей

Школа меняет жизнь не только детей. К чему надо готовиться взрослым?

Лиза
Психиатр и специалист по питанию из Гарварда назвала 6 продуктов, которые сохранят мозг «молодым и здоровым» Психиатр и специалист по питанию из Гарварда назвала 6 продуктов, которые сохранят мозг «молодым и здоровым»

Чем витамины группы В полезны для мозга и в каких продуктах они содержатся

Inc.
Как избавиться от домашних клопов за один день: готовимся к сезону вредителей Как избавиться от домашних клопов за один день: готовимся к сезону вредителей

Как обезопасить свою постель от домашних клопов?

ТехИнсайдер
Барбикор: откуда взялся тренд на образы куклы Барби и почему знаменитости все чаще одеваются в розовый Барбикор: откуда взялся тренд на образы куклы Барби и почему знаменитости все чаще одеваются в розовый

Рассказываем, что стоит за трендом, который уже окрестили «барбикор»

Правила жизни
Тонизирующий массаж роллами для хорошей осанки и против целлюлита Тонизирующий массаж роллами для хорошей осанки и против целлюлита

Для чего нужны роллы с рельефной поверхностью и как ими пользоваться?

Лиза
Что мешает нам любить себя? Что мешает нам любить себя?

Как научиться принимать себя и заботиться о себе?

Psychologies
Хочется пожить для себя Хочется пожить для себя

Почему людей в зрелом возрасте так часто тянет на авантюры

Лиза
Веру в удачу и предсказания связали с индексом человеческого развития Веру в удачу и предсказания связали с индексом человеческого развития

Почему в одних странах в сверхъестественное верят меньше, чем в других?

N+1
Очищение крови Очищение крови

Рассказываем, как убрать из крови (а значит, и из всего организма) все лишнее

Лиза
«Жизнь не была загублена, пока не встретила его»: отрывок из биографии Дженис Джоплин «Жизнь не была загублена, пока не встретила его»: отрывок из биографии Дженис Джоплин

Фрагмент из книги «Дженис Джоплин — жемчужина рок-н-ролла»

Forbes
Маргарита Терехова. Убегающая в темноту Маргарита Терехова. Убегающая в темноту

Сноб размышляет о судьбе актрисы Маргариты Тереховой

СНОБ
«Чаадаевское дело». Идеология, риторика и государственная власть в николаевской России «Чаадаевское дело». Идеология, риторика и государственная власть в николаевской России

Отрывок из книги «Чаадаевское дело» — о правительственных решениях Николая I

N+1
Кто умнее: кошки или собаки? Кто умнее: кошки или собаки?

Учение измерили когнитивные способности кошек и собак

Maxim
У мужа дети от предыдущего брака: 7 лайфхаков для мачехи У мужа дети от предыдущего брака: 7 лайфхаков для мачехи

Как избежать ошибок, став мачехой?

Psychologies
Суперконтинент Земли раскололся из-за Суперконтинент Земли раскололся из-за

Как сформировались континенты?

ТехИнсайдер
«Дживс и Вустер» и много олигархов: пять фильмов и сериалов о жизни богатых людей «Дживс и Вустер» и много олигархов: пять фильмов и сериалов о жизни богатых людей

Художественный и документальные фильмы о жизни олигархов

Forbes
Импровизация Михаила Горбачева Импровизация Михаила Горбачева

«Сноб» вспоминает Михаила Сергеевича и публикует мемуарный очерк

СНОБ
Позитивный пиар при небольших инвестициях: почему бренды поддерживают женский спорт Позитивный пиар при небольших инвестициях: почему бренды поддерживают женский спорт

Женский спорт созрел для серьезной монетизации

Forbes
Ученые измерили скорость воды в акведуках древнего Рима. Им помогли ископаемые бактерии Ученые измерили скорость воды в акведуках древнего Рима. Им помогли ископаемые бактерии

Как расходовалась вода в акведуке и какова была степень его загрузки?

ТехИнсайдер
«Сердца я ел»: история каннибала Александра Бычкова, который в тюрьме женился на американке «Сердца я ел»: история каннибала Александра Бычкова, который в тюрьме женился на американке

Александр Бычков словно хотел, чтобы его поймали

VOICE
Зачем России понадобилась отдельная сборная молодых звезд хоккея? Зачем России понадобилась отдельная сборная молодых звезд хоккея?

У российского спорта есть только два союзника

Maxim
Зависимость от новостей связана не только с проблемами психологического здоровья, но и физического Зависимость от новостей связана не только с проблемами психологического здоровья, но и физического

Думскроллеры чаще страдают от стресса и физического недомогания

ТехИнсайдер
Стрит-арт, яхтинг, сиг: что смотреть и пробовать в Нижнем Новгороде Стрит-арт, яхтинг, сиг: что смотреть и пробовать в Нижнем Новгороде

Нижний Новгород — один из центров отечественного гастротуризма

РБК
Открыть в приложении