Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Мухи-журчалки начали точно подражать осам уже 33 миллиона лет назад Мухи-журчалки начали точно подражать осам уже 33 миллиона лет назад

Ученые обнаружили ископаемую муху-журчалку, которая подражала окраске ос

N+1
В 19 лет прославилась, в 20 убита мужем: трагическая судьба звезды Playboy Дороти Страттен В 19 лет прославилась, в 20 убита мужем: трагическая судьба звезды Playboy Дороти Страттен

В свои 20 лет Дороти Страттен имела всё — мужа, популярность, работу мечты

VOICE
В Хорватии нашли захоронение «вампира» В Хорватии нашли захоронение «вампира»

Чем отличаются девиантные захоронения «вампиров»?

N+1
«Прошу признать меня некрофилом»: история петербургского душителя Дмитрия Вороненко «Прошу признать меня некрофилом»: история петербургского душителя Дмитрия Вороненко

В последнем слове Дмитрий Вороненко заявил, что ему безразличен приговор

VOICE
Два месяца под землей без света и общения с людьми: эксперимент Мишеля Сифра Два месяца под землей без света и общения с людьми: эксперимент Мишеля Сифра

Как проходил эксперимент Мишеля Сифра и к каким он пришел выводам

ТехИнсайдер
Просыпаюсь, как итальянка: что делают южные модницы, чтобы выглядеть богинями при минимальных затратах Просыпаюсь, как итальянка: что делают южные модницы, чтобы выглядеть богинями при минимальных затратах

Как, ну как итальянские блогеры выглядят так роскошно с самого утра?

VOICE
Никита Ковтунов — об учебе у Брусникина и преподавании в Gogol School Никита Ковтунов — об учебе у Брусникина и преподавании в Gogol School

Никита Ковтунов — об универсальности артиста и русской литературе

РБК
В Узбекистане нашли следы пребывания древних людей возрастом около 90 тысяч лет В Узбекистане нашли следы пребывания древних людей возрастом около 90 тысяч лет

Археологи исследовали памятник Куксарай-2, расположенный на Западном Тянь-Шане

N+1
В России разрешат разбирать самолеты, чтобы починить другие. Станет ли опаснее летать? В России разрешат разбирать самолеты, чтобы починить другие. Станет ли опаснее летать?

Российские авиакомпании начали разбирать самолеты на запчасти

Maxim
Как вычислить плохого мастера по наращиванию ресниц: главные признаки- Как вычислить плохого мастера по наращиванию ресниц: главные признаки-

Определить плохого лашмейкера не так-то просто, однако эти "маяки" помогут

VOICE
Макс-фактор Макс-фактор

О том, почему Pro Max в итоге не промах

Автопилот
6 главных финансовых ошибок, которые люди совершают с 30 до 40 лет 6 главных финансовых ошибок, которые люди совершают с 30 до 40 лет

О деньгах нужно заботиться в любом возрасте, но с 30 до 40 — особенно

Maxim
В Южной Корее снова отредактировали собак. Теперь — чтобы укрепить лабрадорам бедра В Южной Корее снова отредактировали собак. Теперь — чтобы укрепить лабрадорам бедра

В Южной Корее родились два генетически модифицированных лабрадора

N+1
Эффективны ли 30-дневные фитнес-челленджи: тонкости таких тренировок Эффективны ли 30-дневные фитнес-челленджи: тонкости таких тренировок

Можно ли за месяц сбросить вес и полюбить спорт?

ТехИнсайдер
7 милых и крайне опасных представителей мира животных 7 милых и крайне опасных представителей мира животных

Милые животные, встреча с которыми может быть смертельно опасна

ТехИнсайдер
Как жара влияет на организм Как жара влияет на организм

Врач объяснил, что происходит с нашим телом под воздействием высокой температуры

Psychologies
Космическая медицина на орбите и на Земле Космическая медицина на орбите и на Земле

Как медики изучают влияние космического полета на организм

ТехИнсайдер
Археологи раскопали дом небогатых жителей Помпей Археологи раскопали дом небогатых жителей Помпей

Внутри дома в Помпеях находились предметы быта и остатки мебели

N+1
Ломать и строить Ломать и строить

Пожары, наводнения и набеги врагов развивали градостроительство

Вокруг света
16 банальных ошибок, способных испортить любую свадьбу 16 банальных ошибок, способных испортить любую свадьбу

Чего стоит избегать, планируя свадебное торжество

Psychologies
Магия кристалла Магия кристалла

Многогранный и статусный интерьер просторной квартиры в центре столицы

SALON-Interior
Китайские ученые лишили мышей хромосомы. А потом еще одной Китайские ученые лишили мышей хромосомы. А потом еще одной

Ученые научились сшивать мышиные хромосомы между собой

N+1
Биотехнологии в борьбе с кровососами: ученые нашли способ избавиться от комаров на даче. Теперь отдыхаем спокойно! Биотехнологии в борьбе с кровососами: ученые нашли способ избавиться от комаров на даче. Теперь отдыхаем спокойно!

Решения, которые позволяют быстро избавиться от насекомых

ТехИнсайдер
Деплатформинг структур. Почему кристаллохимикам все труднее доверять друг другу Деплатформинг структур. Почему кристаллохимикам все труднее доверять друг другу

Почему кристаллохимикам все труднее доверять друг другу

N+1
Древнейшие земледельцы сформировались из трех предковых популяций Древнейшие земледельцы сформировались из трех предковых популяций

Ученые разобрались в происхождении населения эпохи докерамического неолита

N+1
Онлайн-конфигураторы ПК: выбираем лучший Онлайн-конфигураторы ПК: выбираем лучший

У каждого крупного ритейлера есть собственный конфигуратор ПК

CHIP
Окно в Париж Окно в Париж

Художник-импрессионист Камиль Писсарро и его парижские пейзажи

Вокруг света
Что такое сознание. Теперь есть ответ? Что такое сознание. Теперь есть ответ?

Физики предложили теорию сознания. Она основана на идеях теории относительности

ТехИнсайдер
Взрослеть не спешат: большинство россиян не ощущает себя на свой возраст Взрослеть не спешат: большинство россиян не ощущает себя на свой возраст

Больше половины 40-летних причисляют себя к молодежи

Psychologies
Калорийность рациона: зачем нужны белки и жиры Калорийность рациона: зачем нужны белки и жиры

Чем определяется калорийность рациона?

РБК
Открыть в приложении