Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Посчитаны риски 175 возможных последствий для здоровья при приеме агонистов ГПП-1 Посчитаны риски 175 возможных последствий для здоровья при приеме агонистов ГПП-1

175 последствий для здоровья при терапии агонистами ГПП-1

N+1
Есть ли толк от интервального голодания: ученые попытались разобраться, но в итоге запутались еще больше Есть ли толк от интервального голодания: ученые попытались разобраться, но в итоге запутались еще больше

В чем секрет интервального голодания?

ТехИнсайдер
Нейроиммунная регуляция страха оказалась чувствительна к действию психоделиков Нейроиммунная регуляция страха оказалась чувствительна к действию психоделиков

Ученые обнаружили в мозге мышей нейроиммунную сеть, отвечающую за чувство страха

N+1
Самые короткие и захватывающие детективные сериалы — посмотри за вечер или за выходные! Самые короткие и захватывающие детективные сериалы — посмотри за вечер или за выходные!

Собрали остросюжетные шоу в формате мини-сериалов

VOICE
Самые безумные и правдоподобные теории заговора про римских пап Самые безумные и правдоподобные теории заговора про римских пап

Какие теории заговора про римских пап были самыми безумными?

Maxim
7 причин влюбиться в интроверта 7 причин влюбиться в интроверта

Почему вам стоит построить отношения с интровертом

Psychologies
Женщина с молотом: почему фильм «Тор: любовь и гром» не смог преодолеть неравенство Женщина с молотом: почему фильм «Тор: любовь и гром» не смог преодолеть неравенство

Смогли ли Marvel внедрить супергеройское кино в феминистский контекст?

Forbes
Как полировать фары автомобиля: три способа и советы эксперта Как полировать фары автомобиля: три способа и советы эксперта

Вернуть фарам изначальный вид можно при помощи полировки

РБК
Своим путем Своим путем

Роман Васильев — нетипичный представитель актерской профессии

OK!
Убийцы Барби и Кен: как молодые супруги стали главными маньяками Канады Убийцы Барби и Кен: как молодые супруги стали главными маньяками Канады

Они годами вселяли страх в молодых женщин и девочек пригорода Торонто

VOICE
Правила жизни Нила Армстронга Правила жизни Нила Армстронга

Правила жизни астронавта Нила Армстронга

Правила жизни
В краю двух морей: зачем вам непременно стоит отправиться на Терский берег В краю двух морей: зачем вам непременно стоит отправиться на Терский берег

Кольский полуостров часто называют краем земли

Вокруг света

Самый необычный постоялец отеля «Гельвеция»

Правила жизни
10 красивых фотофейков, в которые все поверили 10 красивых фотофейков, в которые все поверили

Самые красивые и впечатляющие вирусные фото, которые оказались подделкой

Maxim
Просьба о помощи — это слабость: что такое контрзависимость и как от нее избавиться Просьба о помощи — это слабость: что такое контрзависимость и как от нее избавиться

В чем причина контрзависимого поведения и как вести себя в отношениях

Forbes
Александр Асмолов — Forbes: «Молодежь выходит за рамки тоталитарных матриц» Александр Асмолов — Forbes: «Молодежь выходит за рамки тоталитарных матриц»

Психолог Александр Асмолов — о грехе самосбывающихся пророчеств

Forbes
«Становится все абсурднее»: Александр Хант о фильме «Межсезонье» и самоцензуре в кино «Становится все абсурднее»: Александр Хант о фильме «Межсезонье» и самоцензуре в кино

Режиссер Александр Хант — о новом поколении, свободе и новой цензуре

Forbes
В Южной Корее снова отредактировали собак. Теперь — чтобы укрепить лабрадорам бедра В Южной Корее снова отредактировали собак. Теперь — чтобы укрепить лабрадорам бедра

В Южной Корее родились два генетически модифицированных лабрадора

N+1
От этих фруктов стоит отказаться после 50 лет: больше вреда, чем пользы От этих фруктов стоит отказаться после 50 лет: больше вреда, чем пользы

В каких случаях эти фрукты могут быть вредны для тех, кто постарше?

ТехИнсайдер
Бросил учебу, чтобы красить маму Ким Кардашьян: как школьник стал самым перспективным визажистом Америки Бросил учебу, чтобы красить маму Ким Кардашьян: как школьник стал самым перспективным визажистом Америки

Сэм Виссер — настоящий гений макияжа

VOICE
7 способов повысить интеллект ребенка 7 способов повысить интеллект ребенка

Несколько простых советов, которые помогут улучшить работу детского мозга

Лиза
Развенчиваем мифы народной медицины Развенчиваем мифы народной медицины

Народная медицина: польза или вред?

Лиза
«Костыль для общения»: можно ли построить отношения без манипуляций «Костыль для общения»: можно ли построить отношения без манипуляций

Попробуем разобраться, можно ли построить отношения без манипуляции

Psychologies
О чем разговаривать с пожилыми людьми? О чем разговаривать с пожилыми людьми?

Как избежать взаимного раздражения во время разговора с пожилыми родителями?

Psychologies
Полив этиловым спиртом защитил резуховидку от засухи Полив этиловым спиртом защитил резуховидку от засухи

Генетики предложили повысить засухоустойчивость растений с помощью этанола

N+1
«Жизнь по вызову»: каким получился новый сериал Сарика Андреасяна об эскорте в России «Жизнь по вызову»: каким получился новый сериал Сарика Андреасяна об эскорте в России

«Жизнь по вызову» — отставший от жизни проект о проституции

Forbes
Думскроллинг: опасная интернет-привычка, от которой можно сойти с ума Думскроллинг: опасная интернет-привычка, от которой можно сойти с ума

У многих из нас появилась привычка, которая опасна для психического здоровья

VOICE
Как выглядела прокладка кабеля под Атлантическим океаном в 1866 году Как выглядела прокладка кабеля под Атлантическим океаном в 1866 году

Как первопроходцы прокладывали кабель через океан в XIX веке?

Maxim
Химики нашли новый путь пребиотического синтеза аминокислот Химики нашли новый путь пребиотического синтеза аминокислот

Возможный путь пребиотического синтеза аминокислот

N+1
Искренняя книга о жизни и надежде Александра Гулько «Райгород» Искренняя книга о жизни и надежде Александра Гулько «Райгород»

История нескольких поколений семьи Лейба Гройсмана, гениального предпринимателя

СНОБ
Открыть в приложении