Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

CAR-T-терапия поставила на ноги двух пациентов с тяжелой аутоиммунной нейропатией CAR-T-терапия поставила на ноги двух пациентов с тяжелой аутоиммунной нейропатией

Частично обездвиженные заболеванием люди начали ходить с помощью CAR-T-терапии

N+1
Как отрастить ресницы — советы экспертов и правила ухода Как отрастить ресницы — советы экспертов и правила ухода

Сделать ресницы длиннее помогут эти процедуры

РБК
Ученые расшифровали, как мы ощущаем вкус сладкого Ученые расшифровали, как мы ощущаем вкус сладкого

Как язык воспринимает сладость, какой рецептор отвечает за влечение к сахару?

ТехИнсайдер
Принцесса и драконы: 7 теорий заговора вокруг гибели Дианы Спенсер Принцесса и драконы: 7 теорий заговора вокруг гибели Дианы Спенсер

За 25 лет после гибели Дианы возникло много конспирологических теорий ее кончины

Правила жизни
Недобрососедские отношения: как зумеры обесценили мечту миллениалов и что из этого получилось Недобрососедские отношения: как зумеры обесценили мечту миллениалов и что из этого получилось

Почему зумерам и миллениалами так сложно взаимодействовать друг с другом?

Правила жизни
Город засыпает, но спят не все: как отели справляются с теневой жизнью своих постояльцев (и есть ли тут место морали) Город засыпает, но спят не все: как отели справляются с теневой жизнью своих постояльцев (и есть ли тут место морали)

Как персонал гостиниц справляется с тайными (и не очень) желаниями гостей

Правила жизни

Страхи в постели часто вообще никак не связаны с реальным положением дел

VOICE
Газлайтинг: насилие, о котором не говорят Газлайтинг: насилие, о котором не говорят

Чем опасно постоянное обесценивание наших переживаний и суждений

Psychologies
5 загадочных массовых заболеваний, которым не нашли объяснения до сих пор 5 загадочных массовых заболеваний, которым не нашли объяснения до сих пор

Семь случаев эпидемий, вызванных массовой истерией

ТехИнсайдер
Как укоренить розу из букета в домашних условиях Как укоренить розу из букета в домашних условиях

Срезанный цветок можно укоренить в домашних условиях

ТехИнсайдер
Павел Деревянко: «Девчонки считают меня привлекательным» Павел Деревянко: «Девчонки считают меня привлекательным»

Главный по волейболу Паша Деревянко рассказывает про популярность и деньги

Maxim
Найти свою зону ближайшего развития и изменить жизнь Найти свою зону ближайшего развития и изменить жизнь

Зона ближайшего развития — работает ли это понятие для взрослых?

Psychologies
Бравые наёмники моды Бравые наёмники моды

Самый яркий и необычный костюм эпохи Возрождения

Дилетант
Как правильно посадить чеснок осенью: советы для тех, кто хочет получить богатый урожай Как правильно посадить чеснок осенью: советы для тех, кто хочет получить богатый урожай

Если решили взяться за выращивание чеснока, начните готовить грядки уже сейчас

ТехИнсайдер
6 Изобретений Золотого века, которые изменили мир 6 Изобретений Золотого века, которые изменили мир

Без этих изобретений Золотого века наш мир был бы совсем другим

ТехИнсайдер
Эту актрису похитили спецслужбы КНДР — ради того, чтобы она прославила кино Северной Кореи Эту актрису похитили спецслужбы КНДР — ради того, чтобы она прославила кино Северной Кореи

Чхве Ынхи снялась в сотнях фильмов, а затем годы провела в плену правителя КНДР

VOICE
Дорогие мои: 6 вещей, которые помогут выглядеть солидно Дорогие мои: 6 вещей, которые помогут выглядеть солидно

Что такое статусный гардероб? Шкаф, набитый брендовой одеждой?

Правила жизни
Детство и юность Людмилы Гурченко. О малоизвестных фактах из жизни великой актрисы рассказывают ее друзья детства Детство и юность Людмилы Гурченко. О малоизвестных фактах из жизни великой актрисы рассказывают ее друзья детства

Бесценные свидетельства тех, кто знал Людмилу Гурченко в детстве и юности

Коллекция. Караван историй
Это просто белый яд: разоблачаем самые распространённые мифы о соли Это просто белый яд: разоблачаем самые распространённые мифы о соли

Эту самую простую приправу обвиняют во многих грехах

VOICE
Посмотрите на 10 самых древних произведений искусства Посмотрите на 10 самых древних произведений искусства

Как самовыражался древний человек?

ТехИнсайдер
Возвращение бизонов сделало растительность прерий более разнообразной Возвращение бизонов сделало растительность прерий более разнообразной

Реинтродукция бизонов положительно сказывается на местной флоре

N+1
Ремни и вискоза под запретом: эти платья ни в коем случае нельзя брать в отпуск! Ремни и вискоза под запретом: эти платья ни в коем случае нельзя брать в отпуск!

Не все, что ты носишь летом, подойдет для пляжного отдыха!

VOICE
Как русская девочка влюбила в себя Голливуд, но умерла молодой при загадочных обстоятельствах: трагедия Натали Вуд Как русская девочка влюбила в себя Голливуд, но умерла молодой при загадочных обстоятельствах: трагедия Натали Вуд

Натали Вуд была олицетворением сказки о Золушке

VOICE
Насколько важно сохранять осанку и спасет ли это вас от болей в спине? Ответ ученых может вас сильно удивить Насколько важно сохранять осанку и спасет ли это вас от болей в спине? Ответ ученых может вас сильно удивить

Действительно ли ровная осанка влияет на здоровье спины?

ТехИнсайдер
Кролики и все, что о них следует знать владельцам: привычки, диета и другие факты Кролики и все, что о них следует знать владельцам: привычки, диета и другие факты

Кролики — социальные животные, о которых вы мало знаете

ТехИнсайдер
Советские мультфильмы, которые учили детей вредному Советские мультфильмы, которые учили детей вредному

Если пересмотреть мультики нашего детства, то к многим из них возникают вопросы

Maxim
Уверенность, гармония и энергия: 3 рецепта счастья для разных поколений россиян Уверенность, гармония и энергия: 3 рецепта счастья для разных поколений россиян

Что же нам необходимо, чтобы отлично себя чувствовать?

Psychologies
Режиссер Келли Райхардт — о фильме «Первая корова», внутренней кухне кино и о том, как снимать кино об Америке начала XIX века Режиссер Келли Райхардт — о фильме «Первая корова», внутренней кухне кино и о том, как снимать кино об Америке начала XIX века

Вспоминаем наше интервью с Келли Райхардт о картине «Первая корова»

Правила жизни
«Секс с живыми мне не нравился»: история каширского маньяка Андрея Ежова «Секс с живыми мне не нравился»: история каширского маньяка Андрея Ежова

Задержали каширского маньяка недавно — 2020 году

VOICE
4 фразы нового партнера, которые должны стать для вас «красными флажками» 4 фразы нового партнера, которые должны стать для вас «красными флажками»

Как распознать сигналы, говорящие о нездоровых или даже опасных отношениях

Psychologies
Открыть в приложении