Машинное обучение помогло диагностировать рак по ДНК микроорганизмов в крови
Ученые создали наиболее полную библиотеку следов нуклеиновых кислот микробиоты в анализах онкологических пациентов и с помощью методов машинного обучения выделили микроорганизмы, специфичные для различных типов опухолей. В перспективе это позволит создать новый универсальный метод диагностики рака на ранних стадиях по анализу крови. Статья опубликована в журнале Nature.
Рак принято рассматривать как заболевание, которое напрямую связано с человеческим геномом, однако недавние исследования установили, что микробиом также влияет на опухоли и препятствует их эффективному лечению. До сих пор не известно, какой именно вклад обитатели нашего организма вносят в развитие различных типов рака. Исследовать эту зависимость трудно, потому что в процессе сбора и анализа образцов высока вероятность загрязнить их дополнительными нуклеиновыми кислотами.
Поиском простого и эффективного анализа, который мог бы выявлять рак различных типов на ранних стадиях, занято множество исследователей по всему миру. Сейчас разрабатывают целый ряд тестов, которые определяют опухоли по образцу крови; в качестве маркеров используют специфические белки или мутантную ДНК. Современные технологии статистической обработки результатов секвенирования ДНК позволяют исключить из анализа генетические следы, которые были внесены в образцы извне,